В 1521 году угличский князь Дмитрий Иоаннович подарил монастырю село под Угличем. А в 1528 году по приказу Великого князя Московского Василия Третьего на территории обители на месте старой каменной Никитской церкви (посвящённой раннехристианскому мученику) строится каменный Никитский собор.
Главный собор Великомученика Никиты (1561-1564) был построен в центре монастырской территории по велению Ивана Грозного. Южный придел его – храм, построенный Василием III в 1520г., по сути, первое каменное здание монастыря.