В 1542 году Герасим Болдинский получил благословение и грамоту у митрополита Макария и позволение у царя Иоанна Васильевича на основание мужской обители.
В 1566 году в монастыре побывал Иван Грозный; в 1598 году — Борис Годунов; 1619 — митрополит Ростовский и Ярославский, будущий патриарх Филарет; в 1654, 1655, 1656, 1657 годах — царь Алексей Михайлович; 1656 — патриарх Никон.
В годы Смуты монастырь неоднократно подвергался разграблению польско-литовскими отрядами. Но уже в правление Михаила Федоровича на территории храма начинается активное каменное строительство. На месте деревянной церкви в 1630—1638 годах был возведён трёхшатровый каменный храм Божией Матери Одигитрии.