Изначально боярин Ефрем якобы основал обитель на возвышенности у реки, а в 1038 году был построен храм, получивший название Борисоглебского в честь Бориса и Глеба и давший название всему монастырю. В исторических источниках первые сведения о Торжке появляются в середине XII века.
Самая древняя, сохранившаяся до нашего времени, постройка монастыря — Введенская церковь, была построена в XVII веке на месте сожжённой поляками старой деревянной. В 1717 году между настоятельскими корпусами приблизительно того же времени постройки была возведена Входо-Иерусалимская церковь , реставрировавшаяся в 1980-х годах. Большой урон монастырю нанёс пожар 1742 года.
В 1925 году монастырь был распущен, а на территории монастыря была размещена тюрьма строгого режима, которая находилась там около 50 лет. После неё в монастыре разместился лечебно-трудовой профилакторий для алкоголиков, а в последнее время разместился Всероссийский историко-этнографический музей. Руководство музея приложило немало усилий для реставрации архитектурного ансамбля, из... ованного тюрьмой.
В 1993 году в монастырь вернулись верующие, разделив помещения монастыря с музеем.